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死后五百年，还被人们铭记的人，他们的灵魂便可以成为“灵体”。 根据现代人的印象，呈现出与生前的人形不同的形态。如今，不少历史上的著名人物成为“灵体”，在新的时代，述写新的传奇。作品独创性的提出“魂”与“灵体”之间关系的概念——一直被人们记住的历史人物的“魂”最后幻化成了“灵体”寄宿在了后来的一代又一代的人身上，并永不停息的持续着“他们”之间的战争，此所谓“魂战纪”。

女主阳萝目睹母亲被吸入一本天书，为了寻回母亲，阳萝开始四处收集天书，并在“藏书阁”昴和男主人公习语的陪伴下，克服了种种困难。随着收集的天书越多，阳萝发现母亲竟然是天书里面的人物，并与身为人类的父亲产生了爱的结晶，生下了自己。阳萝有一半天书血统的事瞬间引起了很多藏书阁的注意，并对阳萝采取了回收行动。于是阳萝一边应对这些藏书阁，一边加快速度收集天书。

原本中医系毕业的张机，因为中医不容乐观的就业情势，于是打算转行“更有前途”的西医。然而某天他回家后，发现家中多了位不速之客——医仙【岐伯】。岐伯以“因为你是张机（张仲景）”为理由，将“重振中医”交给了张机。 为了让张机可以胜任“重振中医”的重任，岐伯遣药灵亲自教导张机中药的配伍使用，并将一本可以与药灵订立契约的《玉函本草集》交由张机，同时让人参【任弦】作为张机的帮助与监督者。